Kabak çekirdeği, kemik oluşumu için önemli olan iyi bir magnezyum kaynağıdır. Yüksek magnezyum alımının daha yüksek kemik yoğunluğu ile ilişkili olduğu ve menopoz sonrası kadınlarda osteoporoz riskini azalttığı gösterilmiştir. Kabak çekirdeğinde bulunan fitosteroller ve omega-3 çoklu doymamış yağ asitleri LDL kolesterol (kötü kolesterol) seviyesini düşürebilir. Bu bileşikler ayrıca kan pıhtılarını ve aterosklerozu önleyebilir, böylece kalp krizi ve felç riskini azaltır.